Program Studi Manajemen Zakat dan Wakaf (MZAWA) merupakan satu-satunya Program Studi di Kalimantan yang fokus pada persoalan pengelolaan zakat dan wakaf, demikian itu adalah respon atas tumbuh suburnya Lembaga-lembaga zakat dan wakaf di Kalimantan, sehingga diperlukannya SDM dengan kompetensi manajemen, yang dapat mengelola program-program untuk memfasilitasi pengembangan Zakat dan Waqaf.

Awal berdirinya program studi Manajemen Zakat dan Wakaf pada tahun 2015 masih di bawah naungan Fakultas Syariah karena termasuk ke dalam rumpun ilmu hukum islam dengan nama program studi Zakat dan Wakaf. Setelah terjadi perubahan nomenklatur yang ditetapkan oleh Kementrian Agama Nomor 6943 tahun 2016 tentang Perubahan dan Penyesuaian Nomenklatur Program Studi pada Perguruan Tinggi Keagamaan Islam (PTKI), Prodi Zakat dan Wakaf beralih nama menjadi Prodi Manajemen Zakat dan Wakaf beralih kepada Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam pada tahun 2017.